不過，自從土木堡之變后上直二十六衛便亂套了，因為明英宗御駕親征，十余萬親軍幾乎全軍覆沒，也就錦衣衛南北鎮撫司和十四個千戶所保留了原有的編制，其他諸衛基本上是名存實亡。后面，嘉靖皇帝干脆將剩余的親軍全部編入騰驤左衛、騰驤右衛、武驤左衛和武驤右衛，由御馬監掌印太監指揮，專門負責皇宮和皇城的守衛，而二十六衛其他各衛，除了錦衣衛保留原有編制，其他全部混入京營，由五軍都督府管理，兵部指揮。